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En el pasado, hubo una guerra con una raza alienigena de gigantes llamados “Zentradi”. Habiendo sido casi extinguidos por su primer encuentro con vida extraterrestre, la humanidad confío su futuro en las estrellas y lanzó naves colonizadoras al espacio. Con el fin de encontrar nuevos planetas, se inició la exploración de la Vía Láctea en todas direcciones.

Es el año 2059, la enorme Flota migratoria número 25 “Macross Frontier” se dirige al centro de la galaxia, continuando con su misión de exploración. En la actualidad, cruzando el mar de estrellas, se encuentra la Flota Frontier, pero una diva les caerá del cielo…

Alto Saotome es un muchacho de 17 años que se gana la vida en trabajos de medio tiempo junto con Michael y Luca son contratados para realizar acrobacias aéreas en el concierto que dará Sheryl Nome (Nieta de la Dra. Mao Nome [hermana de Sara Nome Macross Zero]) “El hada galáctica” en Ciudad Frontier, por esta razón Alto le ha conseguido entradas a Ranka Lee que es una gran admiradora de Sheryl.

En pleno concierto, la Flota Frontier es atacada por los “Vajra”. Viendose envueltos en una nueva guerra galáctica…